Necesitaremos:
- Mkvmerge
- Aegisub (la versión Portable ya hace la función)

1) Abre el Aegisub y arrastra el vídeo al programa, este programa lo usaremos para localizar el cuadro maestro mas próximo a lo que queremos cortar.

Sitúate en la línea de tiempo y arrastra hasta donde se iniciaría lo que quieres cortar
https://dl.dropbox.com/s/9n4i4jgvkrjp0af/1.jpg?dl=0

Si como ves en esa imagen, en lo que te he resaltado con un recuadro rojo no tiene fondo de color verde es que no estás en un cuadro maestro (ahora lo entenderás).

Bien, ahora mantén pulsado Mayúsculas izquierdo estando situado en la barra de desplazamiento, con la que antes has avanzado el vídeo y dale a la flecha de desplazamiento izquierdo del teclado, para situarnos por detrás del cuadro actual
https://dl.dropbox.com/s/9zw1korj4emdxtk/2.jpg?dl=0

Como podrás observar ahora el fondo es verde, eso nos dice que estamos encima de un cuadro maestro (el mantener mayúsculas al desplazarnos lo que hace es que saltemos solo entre cuadros maestros), no cierres el Aegisub.

2) Abre el mkvmerge y carga el vídeo a modificar, en Entrada, si ves que hay una etiqueta que pone "Capítulos" desmarcala, ya que vamos a hacer nuestro propio archivo de Capítulos (Chapters).
https://dl.dropbox.com/s/dj348ztuvnc7tzl/3.jpg?dl=0

Ve a la pestaña Salida> Modo de Corte> En partes según los códigos de tiempo

Pega ahí el tiempo que habías buscado con el Aegisub, pero antes de pegarlo pon un "0" delante del código de tiempo, ya que el Aegisub pone el formato así-->> 0:00:52.970 y el mkvmerge lo necesita así--->> 00:00:52.970.

3) Ahora vuelve al Aegisub, haz los mismos pasos que antes para localizar el final de lo que queremos cortar, la única diferencia obviamente es que esta vez usaremos la flecha derecha para movernos entre los cuadros maestros

Copia ese tiempo y pégalo en el mkvmerge justo después del primer tiempo separado de un guión y al igual que antes ten la precaución de poner un "0" delante, deberías tener algo así:
https://dl.dropbox.com/s/vxxfup57ar673am/4.jpg?dl=0

Cambia si quieres el nombre de los archivos que se van a generar y la ruta, desde la parte de abajo y dale a "Iniciar Multiplexado", según la versión de Mkvmerge que uses puede que te genere un archivo solo del corte que le has indicado o que te genere el corte o que te genere entre 2 y 3 archivos, localiza el que te interesa y borra los otros.

Cierra Aegisub y mkvmerge

Con esto lo tendríamos cortado, pero hay partes que aún sobran en ese vídeo, como he dicho no las podremos quitar, pero si podemos hacer que nuestro Reproductor no las visualice, a través de un Chapter.

4) Copia el siguiente texto en el bloc de notas de Windows y guárdalo (solo te dejará como .txt) con el nombre que quieras.

<?xml version="1.0"?>
<!-- <!DOCTYPE Chapters SYSTEM "matroskachapters.dtd"> -->
<Chapters>
  <EditionEntry>
    <EditionFlagOrdered>1</EditionFlagOrdered>
    <EditionFlagHidden>1</EditionFlagHidden>
    <EditionFlagDefault>1</EditionFlagDefault>
    <EditionUID>1488283130010347963</EditionUID>
    <ChapterAtom>
      <ChapterTimeStart>00:00:03.503000000</ChapterTimeStart>
      <ChapterTimeEnd>00:01:33.593000000</ChapterTimeEnd>
      <ChapterFlagHidden>0</ChapterFlagHidden>
      <ChapterFlagEnabled>1</ChapterFlagEnabled>
      <ChapterUID>921363158816282515</ChapterUID>
      <ChapterDisplay>
        <ChapterString>Opening</ChapterString>
        <ChapterLanguage>und</ChapterLanguage>
      </ChapterDisplay>
    </ChapterAtom>
  </EditionEntry>
</Chapters>

Ahora renombra la extensión de ese archivo a .xml

5) abre el aegisub y carga el vídeo cortado y esta vez coge exactamente los tiempos en los que quieres que empiece y termine la parte del vídeo que te interesa, quiero decir que esta vez cojas los tiempos que te interesan, no tienen porque ser cuadros maestros.

Abre el archivo con extensión .xml que acabamos de crear y donde pone "<ChapterTimeStart>" pon el tiempo de inicio que te interesa para tu vídeo, donde pone "<ChapterTimeEnd>" lógicamente el tiempo en el que termina, de nuevo ten presente añadir un "0" al principio del tiempo de cada uno de los 2 tiempos; cierra el archivo guardando los cambios.

Cierra el Aegisub si quieres

6) Abre el mkvmerge y carga el vídeo cortado, no debería haber una etiqueta "Capítulos" como en el paso "2)" ya que la habíamos quitado, pero si por casualidad si que está la desmarcamos, vamos a la etiqueta "Salida", y esta vez nos dirigiremos a la parte derecha, donde pone "Capítulos", y cargamos desde ahí el archivo .xml que antes hemos preparado
https://dl.dropbox.com/s/atw278z6w4mcrhw/5.jpg?dl=0

7) Cambia nombre y ruta si quieres en la parte de abajo donde pone "Archivo de Salida" y dale a "Iniciar Multiplexado", ya tienes el episodio cortado de forma exacta.

Sé que parece algo muy tedioso, pero realmente no lo es tanto, cuando lo has hecho un par de veces se entiende muy bien y se hace fácil.