Buenas
Por si a alguien mas le pasa lo que a mi.
Parece ser que el problema con el VLC en Linux viene por las fuentes integradas en el MKV. Lo que me recomendaron en el foro de Linux Mint, es que use el Gnome Mplayer, y en preferencias le indique en Vídeo, salida X11, y en Subtitulos que no use las fuentes integradas.
Haciendo eso me reproduce correctamente el capitulo.
De todos modos probé a reproducirlo con VLC en Windows y funciona sin problemas...