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Vale, entonces, no me sobreescribiría el archivo original, quiero decir, el programa crea un archivo "output" sin tocar el original o "input", por decirlo de alguna manera...que esa es la duda gorda que tengo
Que estén en avi no es impedimento para usar el mkvmerge, el mkv no es mas que un contenedor, así que da igual que lo que pongas dentro nativamente fuera avi, mp4 o mkv.
Si estan en mp4 o mkv, puedes usar el mkvmerge paara cortar y pegarlos. Sin necesidad de otra cosa mas complicada.