La historia de Negro y Blanco 2 está relacionada con la del 1, ya que ocurre unos años después, aunque no es estrictamente necesario haber jugado a N/B. Sólo te perderías eso, un poco la historia, por lo demás, NyB2 son bastante más completos.
Respecto al pokébanco, creo que sólo era compatible con NyB2 mediante el poketraslador, otro programa que hay que instalar en la 3DS, por lo que los pokémon de HGySS, si quisieras pasarlos tendrías que pasarlos primero a NyB2. Dicho esto, ahora con el GTS, no importa no haberte pasado los pokémon de las ediciones de la DS, porque con ese sistema puedes conseguir todos los pokémon mediante intercambio con la gente. Así que no tendrás problemas.